有一颗陨石落到涩谷后，从陨石中出现了不明宇宙生物异虫，它们变成人类的样子生活在城市中，不断杀害人类。为了消灭这些异虫，人类成立了一个秘密组织杰特，该组织开发出了假面骑士系统。某一天，杰特的实习队员加贺美新，遇到了一名古怪的男子天道总司，他称自己是“行天之道，总司一切的男人”。就在加贺美新以为自己能得到甲斗王变身器的认可时，变身器却飞向了天道总司，利用甲斗王变身器和腰带成功变身成假面骑士甲斗王的天道总司，他能否凭借自己的力量守护世界呢？而这一切的背后所隐藏的秘密又是什么呢？

一颗陨石坠落到地球的海洋中，造成海水蒸发，大片海洋消失。地球的气候因此出现异常，人类的生存环境不断恶化，地球上的树木枯萎，土地都变成了沙漠。更可怕的是，从那颗陨石中冒出了大量的外星生物异虫，它们有着强大的力量，并开始侵略人类的世界，让人类处在恐慌之中。为了对抗外敌的入侵，人类组成杰特这个特殊武力组织，并且花费人力物力开发出了假面骑士系统。然而，一些杰特的成员因不满杰特的做法，而选择脱离组织，成立了一个新的组织——新杰特。杰特和新杰特冲突不断，在一次杰特与新杰特的对抗中，一个神秘的男子天道总司出现了，他拥有变身成为假面骑士甲斗王的强大能力，但却不属于任何一个组织，这让交战双方都感到非常惊讶。其实在这场纷争背后，有一个可怕的阴谋正在悄悄地进行……