黑杰克，本名间黑男。从小父母离异，留下母亲独自照顾他。某日与母出游，因为工程商的人为疏失，导致母子误踩未爆弹引起爆炸。母亲送医后不治，他也受重伤濒临死亡。幸亏本间丈太郎医师的高明医术救活了他。当下，他立下了两个志愿：成为像本间医师一样的一流外科医师与报复杀死母亲的工程商……

21-01 医师执照重回之日/医师执照返回之日 内田裕21-02 BJ与父亲的再见面/父亲再相见 濑谷新二 神村幸子21-03 悲伤的皮诺可 齐藤圭太、筱原隆 西田正义21-04 北欧的黑色天使/北欧的天使 杉野昭夫21-05 机器人手臂/机器手腕 金子匡邦 濑谷新二21-06 空中医院/飞在空中的医院 中川航21-07 百亿元的生命约定/一百亿日圆生命的缔约 片山美雪21-08 65年后的觉醒/六十五年后的苏醒 濑谷新二21-09 心的刻印/刻在心脏上的记号 杉野昭夫21-10 纽约的奇迹 内田裕21-11 黑暗医师的宿命/黑市医生的宿命 片山美雪21-12 极光的彼方/在极光的彼岸 中川航21-13 皮诺可，回日本去/皮诺可你给我回日本去 齐藤圭太、筱原隆 西田正义21-14 恐怖的菲尼克斯病/恐怖的PHOENIX病 松田芳明、安藤干彦 濑谷新二21-15 BJ父亲的真实 杉野昭夫21-16 往破灭的挑战/对灭亡的挑战 内田裕21-17 生命的尊严 片山美雪

外科医生BLACK JACK不仅没有行医执照，而且总是索要巨额的医疗费，使其在医学界素有恶名，然而他高超的手术技巧却无人能及。他否定传统的价值标准，只按照自己对医学的理念行事，因而被权威医学界所排斥，孤立。但他无所畏惧，在助手小女孩皮诺可的协助下，坚定地沿着自己所信仰的医学之路走下去。