制片方此前为这部年度动作大片准备了多个名字，但直到发布会前不久才最终确定片名为《特殊身份》，对此片方表示，是因为这个名字最符合影片的神秘气质。为了能够呈现出最佳的视听效果，《特殊身份》邀请到了曾拍摄过多部经典动作戏的香港知名导演霍耀良、奥斯卡金像奖摄影指导鲍德熹、素有“车神”之称的著名飞车指导罗礼贤参与该片制作。

1932年，江苏省金凤县。 某夜，被捕的共产党干部汪国池叛变，供出县委凌晨4点会在砖瓦窑开会的情报，听闻，伪警察局局长骆百千（杨德智）与部下王队长（李兰发）及赵巡长紧急商议，前者认为事不宜迟应即刻进军，后者原是打入警察局的共产党员江万和（赵尔康），他一面附和着称恐怕有诈，一面想着对策，随后骆百千决定兵分两路进攻砖瓦窑。 一干人马路过一座桥时，江万和向也是卧底的小浦东（李利宏）使了个眼色，汪国池被冷不丁地推入水中，死于一阵乱枪，县委同仁性命得以保全。 此事令警察局面子全失，向来与骆百千不和的县党部书记长张谦（刘冠雄）更是趁机到省警察厅告了他一状，这给了正为频频在农村、县城活动的共产党头疼的省警察厅契机，侦缉处长秦邦业（杨保和）被派往金凤。秦邦业非常狡猾，他派替身来了个金凤一日游之后，化装成伙夫潜伏在了警察局。 江万和在乔装成小商店夫妻的同仁徐寿林（端木和林）及朱荷妹（赵秀丽）的帮助下， 与县委书记李渊风（康泰）取得联系，后者要他想办法弄到一笔武器，虽顺利办妥此事，却也令秦邦业对他生疑。秦邦业开始暗中指挥张谦及骆百千行

某天深夜，博爱医院的内科医生辛玉廷（马崇乐）和画匠老方救下一名被日本宪兵队追捕的伤员后，另一名医生周益（雷明）向外挂了一通神秘电话。不久，日本宪兵队特高课青木（袁春海）收到号称“帝国军人眼睛”的“四十五号”提供的情报，下令搜查博爱医院，翻译官丁彦（郭法曾）首当其冲搜查时，扑了空。 “四十五号”现身日本宪兵队，称周益就是要找的新四军的买药人，原来他是……知晓药品交易的时间和地点后，青木再派丁彦出发，殊不知丁彦同“四十五号”的身份并无差别。

海南省解放前夕，解放军三二五营营长林汉杰正打算带着兄弟们参与海南岛登陆战，却突然接到上级陈长缨政委的调令。上级决定将三二五营从前线调离，让他们改道行进至安乐镇，接收镇上的橡胶园。为了圆满完成任务，陈长缨还将女同志沈丹宁托付给了林汉杰，要求他务必保护沈丹宁的安全，由沈丹宁带领他们前往目的地。尽管百般不愿，林汉杰还是选择服从上级命令，带着沈丹宁和自己的队伍，出发前往乐安镇。